Уряди, наукові кола та дослідницькі центри активно використовують сучасні технології та інноваційні розробки для протидії COVID-19.
Створено численні інструменти з відкритим кодом, значна частина яких перебуває на етапі тестування, щоб надати підтримку у боротьбі з наслідками цього небезпечного вірусу.
Вже існує цілий ряд інструментів з відкритим кодом, які допомагають науковцям вивчати хворобу, відстежувати її поширення, вживати профілактичних заходів та мінімізувати подальші випадки захворювання та смерті. Детальний перелік проєктів з інструкціями щодо їх використання можна знайти на платформі Екосистема освіти.
У даній статті ми розглянемо деякі з інструментів та бібліотек з відкритим кодом, які використовуються для моніторингу, профілактики, стримування, діагностики та лікування COVID-19.
Інтерактивна карта відстеження COVID-19
У січні Центр системних наук та інженерії Університету Джона Гопкінса представив глобальну карту відстеження COVID-19, яка швидко стала авторитетним джерелом інформації про динаміку пандемії в реальному часі.
Ця карта з відкритим вихідним кодом активно використовується для досліджень та візуалізації даних провідними ЗМІ, громадськими організаціями та органами місцевого самоврядування.
DXY-COVID-19-сканер
DXY-COVID-19-сканер є одним з перших проєктів з відкритим кодом, розроблених для реагування на спалах COVID-19 у січні.
Розробники використали інформацію з DXY.cn, вебсайту, який китайські лікарі застосовували для звітування та відстеження захворюваності. Вони створили веб-сканер для збору даних з цього сайту та надання доступу до них через API та базу даних. Код проєкту доступний на Github.
Open Data Kit (ODK)
Набір відкритих даних (ODK) – це не новий інструмент. Його застосовували під час спалахів лихоманки Ебола в Західній Африці у 2004 році та нещодавнього спалаху в Демократичній Республіці Конго у 2019 році.
Цей інструмент сприяє збору, управлінню та аналізу даних для відстеження контактів, стратегічного картографування, підтримки прийняття рішень, інформування громади та управління справами.
Спільнота ODK оптимізувала використання інструменту у відповідь на COVID-19, зробивши доступною форму для звітування. Форма відповідає протоколу Всесвітньої організації охорони здоров’я щодо розслідування випадків, відстеження контактів та епідеміологічних досліджень.
Провідні розробники також надають безкоштовну підтримку організаціям, які використовують ODK у контексті реагування на COVID-19.
Nextstrain
Nextstrain відстежує еволюцію патогенів. Раніше інструмент використовували для вивчення генеалогії захворювання, що допомагає прогнозувати його розвиток.
Інструмент успішно застосовували під час попередніх епідемій, наприклад, Еболи. Nextxtrain використовується для боротьби з COVID-19, використовуючи генетичні дані з Глобальної ініціативи з обміну даними про грип (Gisaid).
DHIS2
Можливо, ви вже знайомі з DHIS2 – найбільшою у світі системою управління інформацією про здоров’я, яка використовується у понад 70 країнах. У рамках реагування на COVID-19 DHIS2 випустила пакет цифрових даних, що сприяє оперативному виявленню інфекції, звітуванню, моніторингу та лікуванню захворювання.
Пакет цифрових даних DHIS2 використовує стандартизовані метадані, розроблені відповідно до протоколу ВООЗ щодо визначення випадків COVID-19 та епіднагляду, що забезпечує швидке впровадження та реагування.
Пікобар, Західна Ява
Інформаційно-координаційний центр з питань захворювань та катастроф Індонезії – це кризовий центр, створений для пом’якшення наслідків та реагування на COVID-19 у провінції Західна Ява в Індонезії.
У рамках відповіді Jabar Digital Service розробила веб-інструмент та програму з відкритим кодом, що забезпечує користувачам доступ до актуальних даних про COVID-19.
OpenMRS
OpenMRS – це система управління медичним обслуговуванням, яка використовується у багатьох країнах, що розвиваються. Завдяки гнучкості системи OpenMRS країни з обмеженими ресурсами охорони здоров’я можуть використовувати її для спостереження, скринінгу та лікування COVID-19.
Система допомагає розширити можливості цих країн, надаючи доступ до науково обґрунтованої інформації про боротьбу з кризою.
OpenLMIS
Проєкт OpenLMIS використовує підхід, орієнтований на спільноту, для створення інформаційної системи управління логістикою з відкритим вихідним кодом. Система OpenLMIS має на меті підвищити точність даних, підзвітність, своєчасність надання інформації та її видимість.
Система OpenLMIS спрямована на покращення ланцюгів постачання у сфері охорони здоров’я, інвентаризацію медичних ресурсів, щоб забезпечити чітке уявлення про доступні медичні засоби, включно з наборами для тестування та засобами індивідуального захисту (ЗІЗ). Інструмент можна ефективно використовувати для підтримки осіб, що приймають рішення, у розподілі ресурсів для реагування на COVID-19.
Healthsites
Глобальний проєкт картографування Healthsites спрямований на створення мапи всіх медичних закладів світу та надання вільного доступу до їхніх деталей. Дані про заклади охорони здоров’я доступні через API.
Співпрацюючи з користувачами, команда healthsites.io фіксує та перевіряє розташування та контактні дані кожного закладу охорони здоров’я та робить цю інформацію відкритою та доступною через ліцензію на відкриті дані.
SORMAS
SORMAS (Система контролю та аналізу реагування на спалахи епідемій) – це мобільна система електронної охорони здоров’я з відкритим кодом, яка використовується для впровадження процедур контролю за захворюваннями, а також боротьби зі спалахами.
Система була успішно впроваджена у кількох країнах, зокрема в Гані, Нігерії, Непалі та Фіджі, для спостереження та раннього виявлення COVID-19.
SORMAS – це безкоштовна система з відкритим кодом, що відповідає стандартам захисту даних.
Токіо COVID-19
На відміну від багатьох інших міст та урядів, Столичний уряд Токіо створив відкритий вебсайт для інформування своїх мешканців про COVID-19. Завдяки тому, що сайт має відкритий вихідний код, у його розробці взяли участь понад 200 користувачів. Три інші міста, Тіба, Нагано та Фукуока, відтворили цей вебсайт.
OpenELIS
Метою системи охорони здоров’я OpenELIS є покращення якості охорони здоров’я шляхом створення прогресивної, заснованої на стандартах системи управління лабораторною інформацією, що може бути використана різними ініціативами для поліпшення варіантів лікування.
Спалах COVID-19 створив глобальну проблему щодо відстеження контактів та масового тестування підозрілих випадків. OpenELIS можна ефективно використовувати для боротьби з COVID-19, спрощуючи відстеження лабораторних тестів та результатів.
Набір інструментів охорони здоров’я громади – це набір інструментів з відкритим вихідним кодом, а також ресурсів відкритого доступу, спрямованих на розробку та впровадження цифрових інструментів для використання в громадських ініціативах охорони здоров’я у віддалених районах.
Спільнота розробників Community Health Toolkit об’єдналася для створення інструментів та ресурсів, що допомагають медичним працівникам у боротьбі з COVID-19.
CHIME
Модель впливу на лікарню епідемії COVID-19 (CHIME) – це програма з відкритим вихідним кодом, розроблена дослідниками даних з Університету Пенсильванії. Це онлайн-інструмент, який допомагає лікарням прогнозувати вплив вірусу на ресурси охорони здоров’я.
Інструмент розроблено з використанням Python та залежності відкритого коду pandas.
Карта лікування COVID
Карта лікування COVID допомагає візуалізувати існуючі ресурси охорони здоров’я та прогнозувати можливий дефіцит лікарняних ліжок, апаратів штучної вентиляції легень, медичних матеріалів та персоналу. Усі методи, засоби обробки даних, візуалізації та вихідний код є безкоштовними та мають відкритий код.
Мета проєкту «COVID Care Map» – своєчасно передбачати та вживати заходів для надання допомоги зростаючій кількості інфікованих COVID-19 та тих, хто потребує інтенсивної терапії.
Locale.ai
Locale.ai створила інтерактивну візуалізацію з відкритим кодом усіх підтверджених випадків COVID-19 у світі. Для цього використовуються відкриті дані Університету Джона Гопкінса.
Locale.ai розробила вебсайт візуалізації COVID-19 на основі Vue.js – популярного фреймворку, що дозволяє розробникам створювати сучасні вебпрограми.
COVID-19 у всьому світі
Ця програма використовує картографічну візуалізацію для моніторингу поширення COVID-19, підтверджених випадків захворювання та його динаміки у світі. Вона використовує дані John Hopkins CSSE.
Коронавірусний трекер
Це програма Shiny, розроблена Джоном Коуном. Вона відстежує поширення COVID-19, використовуючи дані Джона Гопкінса, DXY та Weixin. Програма відображає кількість підозрілих, підтверджених та одужалих випадків у динаміці часу та регіонів. Код доступний на Github.
Глобальні випадки COVID-19
Глобальні випадки COVID-19 – це програма Shiny, розроблена Крістофом Шененбергером, що демонструє динаміку COVID-19 на карті, графіках, підсумкових таблицях та малюнках. Її код доступний на Github.
Уряди та COVID-19
Це додаток Shiny, розроблений Себастьяном Енгель-Вольфом. Він відображає експоненційне зростання захворюваності COVID-19, кількість днів до подвоєння заражень, підтверджені випадки, рівень смертності та кількість підтверджених випадків на 100 000 осіб у різних регіонах. Код доступний на Github.
Підсумок
Спільнота розробників відкритого коду оперативно та ефективно відреагувала на пандемію COVID-19. Було створено та продовжує розвиватися велика кількість проєктів для боротьби з поширенням хвороби. У цій статті описано лише деякі з них. Наразі залишається невизначеною динаміка розвитку хвороби у найближчі тижні. Більше проєктів, що використовують наявні технології з відкритим кодом, відіграватимуть важливу роль у боротьбі з цим небезпечним захворюванням.
Бережіть себе!
Стаття доктора Майкла Дж. Гарбаде, генерального директора Education Ecosystem