20 інструментів з відкритим кодом можуть допомогти в лікуванні COVID-19 Дослідження

Уряди, науковці та дослідницькі установи використовують технології та інновації для боротьби з COVID-19.

Було розроблено інструменти з відкритим кодом, і деякі з них продовжують тестуватися, щоб підтримати зусилля, які були вжиті для мінімізації наслідків цього смертоносного вірусу.

Низка інструментів із відкритим кодом уже існує, допомагаючи дослідникам дізнаватися про хворобу, визначати поширення, запобігати поширенню та мінімізувати подальше поширення та смертельні випадки. Низка проектів доступна на Екосистема освіти який описує, як використовувати різні інструменти.

У цій статті розглядаються деякі інструменти та бібліотеки з відкритим кодом, які використовуються для моніторингу, профілактики та стримування, діагностики та лікування COVID-19.

Карта відстеження COVID-19

У січні Центр системної науки та інженерії JHU запустив a Глобальна карта відстеження COVID-19 яка швидко стала міжнародним надійним джерелом даних про розвиток пандемії в режимі реального часу.

Карта є відкритим вихідним кодом і використовувалася для проведення досліджень і візуалізації провідними медіаорганізаціями, невеликими організаціями та місцевими органами влади.

DXY-COVID-19-сканер

DXY-COVID-19-Crawler — це один із перших проектів із відкритим кодом, розроблених для реагування на COVID-19 у січні.

Розробники використали дані з DXY.cn, сайту, який використовували китайські лікарі для звітування та відстеження випадків. Вони розробили веб-сканер, який збирав дані з сайту та робив їх доступними через API та сховище даних. Код доступний на Github.

Open Data Kit

Набір відкритих даних (ODK) не є новим інструментом. Раніше його використовували під час спалаху лихоманки Ебола в Західній Африці в 2004 році та нещодавнього спалаху в Демократичній Республіці Конго в 2019 році.

Це в основному допомагає користувачам збирати, керувати та використовувати дані для відстеження контактів, стратегічного картографування, підтримки прийняття рішень, інформування спільноти та керування справами.

Спільнота ODK ще більше вдосконалила його використання у відповідь на COVID-19, зробивши доступною форму звітності у своїх розгортаннях. Форма розроблена відповідно до протоколу Всесвітньої організації охорони здоров’я щодо розслідування випадків, відстеження контактів і розслідувань.

Провідні розробники також пропонують безкоштовну підтримку для будь-якої організації, яка розгорнула ODK у відповідь на COVID-19.

  Збільште частоту кадрів у вашому медіаплеєрі за замовчуванням для відтворення HD

Наступний штам

Наступний штам відстежує еволюцію патогенів. Раніше він використовувався для визначення сімейної історії захворювання, що дає змогу прогнозувати прогресування захворювання.

Його успішно використовували під час попередніх епідемій, таких як Ебола. Завдяки генетичним даним Глобальної ініціативи з обміну всіма даними про грип (Gisaid) Nextxtrain використовується для боротьби з COVID-19.

DHIS2

Ви, напевно, вже знаєте DHIS2. Це найбільша у світі система управління інформацією про здоров’я. Використовується більш ніж у 70 країнах. У рамках відповіді на COVID-19 DHIS2 випустив пакет цифрових даних, який прискорює виявлення інфекції, звітування, спостереження та лікування хвороби.

Пакет цифрових даних DHIS2 використовує стандартні метадані, узгоджені з протоколом ВООЗ щодо визначення випадків COVID-19 і епіднагляду, щоб забезпечити швидке розгортання та реагування.

Пікобар Західна Ява

Інформаційно-координаційний центр з питань захворювань і катастроф Індонезії – це центр реагування на кризи, створений для пом’якшення та реагування на COVID-19 у провінції Західна Ява в Індонезії.

Як частину відповіді Jabar Digital Service розробила веб-інструмент і програма з відкритим кодом що дозволяє користувачам отримувати доступ до останніх даних про COVID-19.

OpenMRS

OpenMRS — це система догляду за пацієнтами, яка використовується в багатьох країнах, що розвиваються, по всьому світу. Завдяки гнучкості Система OpenMRSкраїни, які мали обмежені ресурси охорони здоров’я, можуть використовувати його для спостереження, скринінгу та лікування COVID-19.

Система може допомогти їм розширити їхній потенціал, надаючи їм доступ до науково обґрунтованої інформації щодо боротьби з кризою.

OpenLMIS

The Проект OpenLMIS використовує тактику, орієнтовану на спільноту, для розробки інформаційної системи управління логістикою з відкритим вихідним кодом. Система OpenLMIS прагне підвищити точність даних, підвищити підзвітність, покращити своєчасність даних і видимість.

Система OpenLMIS спрямована на покращення ланцюжків поставок у сфері охорони здоров’я, інвентаризацію медичних ресурсів, щоб забезпечити чітке уявлення про наявні медичні засоби, включаючи набори для тестування та ЗІЗ (засоби індивідуального захисту). Цей інструмент можна ефективно розгорнути для підтримки осіб, які приймають рішення, у розподілі ресурсів у відповідь на COVID-19.

Healthsites

The Глобальний проект картографування Healthsites це проект, спрямований на те, щоб нанести на карту всі медичні заклади світу та зробити деталі кожної лікарні легко доступними. Дані про заклади охорони здоров’я доступні через API.

  Як вводити пальцем на iPhone або iPad

Співпрацюючи з користувачами, команда healthsites.io фіксує та перевіряє місцезнаходження та контактні дані кожного закладу охорони здоров’я та робить дані вільно доступними та доступними через ліцензію на відкриті дані.

СОРМАС

СОРМАС (Система контролю та аналізу реагування на спалахи епідемії) – це мобільна система електронної охорони здоров’я з відкритим кодом. Він був розгорнутий для впровадження процедур контролю захворювань, а також процедур боротьби зі спалахами.

Він був ефективно розгорнутий у кількох країнах, включаючи Гану, Нігерію, Непал і Фіджі, для спостереження та раннього виявлення COVID-19.

SORMAS — це безкоштовна система з відкритим кодом, яка відповідає стандартам захисту даних.

Токіо COVID-19

На відміну від багатьох інших міст і урядів, Столичний уряд Токіо створив відкритий веб-сайт, який інформує своїх жителів про COVID-19. Зробивши його відкритим кодом, сайт побачив внески понад 200 користувачів. Три інших міста, Тіба, Нагано та Фукуока, відтворили веб-сайт.

OpenELIS

Мета в Система охорони здоров’я OpenELIS полягає в покращенні охорони здоров’я шляхом надання прогресивної, заснованої на стандартах системи управління лабораторною інформацією, яка може бути використана різними ініціативами в галузі охорони здоров’я для покращення варіантів лікування.

Спалах COVID-19 став глобальною проблемою відстеження контактів і масового тестування підозрілих випадків. Систему OpenELIS можна ефективно використовувати для боротьби з COVID-19, щоб полегшити відстеження лабораторних тестів і результатів.

The Набір інструментів охорони здоров’я громади це набір інструментів із відкритим вихідним кодом, а також ресурсів відкритого доступу, спрямованих на створення та розгортання цифрових інструментів для використання в громадських ініціативах у сфері охорони здоров’я у важкодоступних районах.

Спільнота розробників Community Health Toolkit об’єдналася для розробки інструментів і ресурсів, спрямованих на підтримку медичних працівників у громадах у боротьбі з COVID-19.

ДЗВОН

The Модель впливу лікарні на епідемію COVID-19 (CHIME) – це програма з відкритим вихідним кодом, розроблена дослідниками даних Пенсільванського університету Пенсильванії. Це онлайн-інструмент, який дозволяє лікарням прогнозувати вплив вірусу на ресурси охорони здоров’я.

Його розроблено з використанням Python і залежності відкритого коду pandas.

Карта лікування COVID

The Карта лікування COVID допомагає відобразити вже існуючі ресурси охорони здоров’я та спрогнозувати прогалини в лікарняних ліжках, апаратах штучної вентиляції легенів, медичних приналежностях і персоналі. Усі методи, засоби обробки даних, візуалізації та вихідний код безкоштовні та мають відкритий код.

  Як усунути неполадки з датчиком частоти серцевих скорочень Apple Watch

Проект «COVID Care Map» має на меті передбачити та діяти, щоб залучити підтримку для ефективного догляду за швидко зростаючою кількістю інфікованих COVID-19 та тих, хто потребує інтенсивної терапії.

Locale.ai

Locale.ai розробив інтерактивну візуалізацію з відкритим кодом усіх підтверджених випадків COVID-19 у всьому світі. Він запитує набір даних з відкритим кодом Університету Джона Гопкінса.

Locale.ai розробив Веб-сайт візуалізації COVID-19 за допомогою Vue.js, який є популярним фреймворком, який дозволяє розробникам створювати сучасні веб-програми.

COVID-19 у всьому світі

Ця програма використовує візуалізацію карти для моніторингу поширення COVID-19, підтверджених випадків і розвитку захворювання по всьому світу. Він використовує дані John Hopkins CSSE.

Коронавірусний трекер

Це програма Shiny, розроблена Джоном Коуном. Він відстежує поширення COVID-19 за допомогою даних Джона Хопкінса, даних DXY і Weixin. Додаток показує кількість підозрюваних, підтверджених і одужаних випадків за часом і регіоном. Код доступний на Github.

Глобальні випадки COVID-19

Глобальні випадки COVID-19 — це програма Shiny, розроблена Крістофом Шененбергером, яка показує розвиток COVID-19 на карті, графіках, підсумкових таблицях і малюнках. Його код доступний на Github.

Уряди та COVID-19

Це додаток Shiny, розроблений Себастьян Енгель-Вольф. Він відображає експоненціальне зростання COVID-19, кількість днів до подвоєння заражень, підтверджені випадки, рівень смертності та кількість підтверджених випадків на 100 000 людей у ​​різних регіонах. Код доступний на Github.

Підведенню

Спільнота відкритих кодів швидко й ефективно відреагувала на пандемію COVID-19. Багато проектів було створено та продовжує будуватися для боротьби з поширенням хвороби. У цій статті описані деякі з проектів. Досі залишається невизначеністю щодо того, як хвороба буде прогресувати найближчими тижнями. Більше проектів, які можуть використовувати існуючі технології з відкритим кодом, знайдуть місце в боротьбі з цією смертельною хворобою.

Залишатися в безпеці!

Стаття доктора Майкла Дж. Гарбаде, генерального директора Education Ecosystem