Чи вас цікавить створення кладограми на основі табличних даних? Пропонуємо огляд програм, які можуть значно полегшити цей процес.
Зі шкільних уроків біології ми знаємо, що всі живі організми пов’язані між собою. Наприклад, мавпи вважаються предками людей, і ми всі є частиною харчового ланцюга.
Кладограма – це деревоподібна діаграма, що показує родинні зв’язки між організмами на основі аналізу ДНК, фізичних особливостей та фенотипів. Вона ілюструє еволюційні взаємозв’язки, дозволяючи класифікувати клади на основі спільних ознак, еволюційних шляхів та адаптацій. За допомогою порівняння кладограм можна визначити найбільш вірогідну гіпотезу.
Кладограма використовує лінії для позначення напрямків еволюційних відгалужень, що ведуть до інших предків або груп організмів. Лінії легко простежуються від початкової до кінцевої клади, представляючи гіпотетичних предків.
Організми аналізуються на молекулярному та морфологічному рівнях, з урахуванням поведінкових даних (для тварин). Для оптимізації процесу побудови кладограм використовуються спеціальні алгоритми. Метою є досягнення глобального мінімуму, при цьому перевага надається методу імітації відпалу, який забезпечує оптимальне рішення.
З огляду на це, пропонуємо ознайомитися зі списком інструментів, які допоможуть вам у створенні кладограм.
Інструменти для створення кладограм
Creately пропонує зручний інструмент для візуалізації зв’язків між видами. Цей сервіс допомагає ефективно ідентифікувати та відображати філогенетичні взаємозв’язки. Він пропонує ряд корисних функцій:
- Можливість експорту у формати PDF, SVG та PNG для друку та обміну.
- Різноманітні шаблони для філогенетичних та кладограмних діаграм.
- Зручний інтерфейс для візуалізації відносин.
Creately має велику бібліотеку форм, включаючи дихотомічні ключі, харчові мережі, філогенетичні дерева та шаблони для групування організмів. Інструмент надає прості функції перетягування для легкого створення зв’язків, а також розширені можливості форматування тексту та налаштування кольорових тем.
Creately також пропонує функцію перетягування зображень тварин та динамічні з’єднувачі для плавного розширення, обертання та зміни розміру діаграм. Створюйте інтерактивні кладограми з використанням вбудованих зображень Google, централізованих дослідницьких даних, повнотекстового пошуку та вбудованих інструментів.
Співпраця з іншими користувачами стала ще простішою завдяки курсорам у реальному часі, розділам коментарів для обговорення та відеоконференціям.
Insight Maker
Insight Maker – це спрощений інструмент для створення моделей у веб-браузері. З його допомогою можна легко створювати циклічні діаграми та насичені зображення, моделюючи різноманітні вимоги. Він допомагає швидко стимулювати взаємодію популяцій та визначати поведінку агентів.
Insight Maker простий у використанні:
- Працює у веб-браузері без необхідності встановлення додаткових модулів або завантажень.
- Дозволяє розміщувати ідеї на полотні для створення імітаційних моделей, насичених зображень та концепцій.
- Використовує алгоритми моделювання для агентного та системно-динамічного моделювання.
- Забезпечує можливість спільної роботи з командою та отримання відгуків щодо дизайну.
- Надає безкоштовний доступ до інструменту та сприяє творчому підходу.
Користувачі можуть переглядати приклади кладограм та вивчати роботи інших користувачів, щоб генерувати ідеї та знаходити оптимальні рішення.
Guilford
Для проведення кладистичного аналізу можна скористатися інструментом SimpleClade від Guilford. Він пропонує графічний інтерфейс користувача, який дозволяє розробляти прості методи роботи у класі палеонтології. Інструмент простий у використанні: достатньо встановити програмне забезпечення та розпочати роботу.
Користувачі можуть створити свій файл даних CSV та розпочати генерацію класів. Процес використання клітини включає диференційовані значення, які легко вивчати. Користувачі можуть позначати клади як “НЕВИКОРИСТАНІ” та вводити значення інших клад.
Інструмент дозволяє виконувати програмні операції, вибирати вузли, які відповідають запиту, змінювати зв’язки, обчислювати статистику економії, підключати горизонтальний кореневий стовбур для зовнішньої групи та переглядати зміни стану ознак.
IUBio
IUBio – це ще один популярний інструмент для створення кладограм, еврограм, свупограм, кривограм, фенограм та деревоподібних діаграм. Для використання необхідно завантажити файл дерева (або вставити URL-адресу), вказати назву та відправити дані.
IUBio пропонує додаткові налаштування для досягнення бажаного результату, такі як базова URL-адреса для міток, стиль, шрифт, розмір тощо. Користувачі також можуть налаштувати зростання дерева та положення вузлів для естетичного відображення.
Онлайн-інструмент підтримує різні бази даних, такі як Arthropods, DroSpeGe, enGenes, wFleaBase та інші. Він пропонує відкритий доступ для користувачів у галузі біоінформатики та молекулярної біології. IUBio включає геном дрозофіли, інструменти для аналізу послідовності, перетворення біопослідовності та редактори для різноманітного використання.
Висновок
Інструменти для створення кладограм дозволяють відобразити еволюційні лінії за допомогою гілок та кількості генетичних змін для нуклеотидних замін. Також легко представити підстанції на основі % змін у послідовності.
Для коректного відображення кладограми необхідно підтримувати структуру дерева, фокусуючись на гілках та вузлах (внутрішніх та зовнішніх – листках та кінчиках). Діаграма також включає молекулярний годинник для визначення спільних предків.
Розпочніть роботу з інструментами для створення кладограм, щоб отримати необхідні результати.